方法摘要
来自健康和疾病小鼠肝脏组织的CZI图像文件，使用基于Python的管道（czifile包）处理以提取多通道z-stack数据。通过20个z切片生成最大强度投影，创建512×512像素的复合图像。通道分配基于荧光团的发射波长和染色模式的目视检查：
CD31 (AF488): 通道1 - 表现广泛血管网络的全内皮标记
LYVE1 (Cy3): 通道2 - 淋巴内皮标记，具有相似但稀疏的模式
目标X (AF647): 通道3 - 弥漫性细胞质染色
使用大津自动阈值法进行分割（CD31阈值=0.229，LYVE1阈值=0.123）。结合二进制掩码以定义两个内皮群体：LYVE1+/CD31+（双阳性）和CD31+/LYVE1-（仅CD31）。
主要发现
群体 | 健康 | 疾病 | 倍数变化 |
|---|---|---|---|
LYVE1+/CD31+ | 1.56% | 3.96% | 2.54倍增加 |
CD31+/LYVE1- | 7.17% | 6.24% | 0.87倍（略有减少） |
总CD31+ | 8.73% | 10.19% | 1.17倍 |
总LYVE1+ | 6.27% | 7.61% | 1.21倍 |
量化结果显示，疾病肝脏中LYVE1+/CD31+双阳性内皮显著扩展2.54倍，而CD31+/LYVE1-群体仅有13%的小幅减少。
解释
分割叠加显示了条件之间显著的形态变化：
关键生物学见解：
在疾病肝脏中LYVE1+/CD31+内皮的优先扩展与常见于如纤维化或慢性炎症的肝脏病理中观察到的肝窦内皮细胞（LSECs）重塑一致
LYVE1是LSECs和淋巴血管的特征标记；其与CD31的增兔共表达表明LSEC增殖/激活或淋巴管生成
CD31+/LYVE1-区的相对稳定表明传统的血管内皮基本保持不变，而窦状/淋巴区则发生病理性扩展
疾病肝脏显示出更细长、互联的血管结构，相对健康组织的离散模式，表明血管重塑
推荐的后续步骤
每个条件量化多个视野以进行统计测试（当前分析代表单一图像）
在分析中包括目标X (AF647)通道以关联其与内皮群体的表达
考虑使用自适应阈值法或基于机器学习的分割以提高准确度
进行形态测量分析（血管长度、分支、直径）以表征结构变化
通过其他生物学重复实验（每个条件n≥3）验证结果